1.出血

不多见。常由于血管回缩而未予及时结扎所致。可暂时用纱布填塞，加压包扎。如出血仍未能停止，须手术止血。

2.肛门失禁

虽属少见，但是严重的并发症。多由于切断了肛管直肠环，或者部分切断，而致肛门完全失禁或部分失禁。

3.肛门瘢痕挛缩变形

主要因肛瘘创口大而深，靠近肛缘组织切除过多过广，发生创缘塌陷，愈合后瘢痕收缩发生肛门变形。其次是手术时切断肛尾韧带或切除尾骨后，肛门向前移位，改变直肠与肛管的角度。

4.创口生长缓慢

若肛瘘创口大而深，生长慢是正常的。若生长过于缓慢，要考虑以下因素：①病人有其他疾病，如糖尿病、结核病等；②创口内有异物存留，如丝线、敷料、鱼刺等；③换药不当，处理欠及时，造成创口粘连及假道形成，甚至创口感染。

5.直肠黏膜脱垂

常伴随肛门失禁，两者发生原因相同，必要时须同时处理。

6.尿潴留

除本身有泌尿生殖系统疾患外，主要由疼痛引起的反应性尿潴留。肛管神经与膀胱颈部神经关系密切，肛门部刺激常可引起后尿道和膀胱颈部痉挛，尤其在放置肛管的病例更为常见。只要除去疼痛病因，适当给予镇静剂常可排尿。如仍不能排尿，可给氨甲酰胆碱0.25mg皮下注射。术后12h仍不能排尿者，须导尿。