一、病因1、宿主动物与传播媒介基孔肯雅病毒的自然宿主有人和灵长类动物，主要传播媒介有埃及伊蚊、白纹伊蚊、非洲伊蚊和带叉-泰氏伊蚊。不同蚊种在传播中的重要性不同。埃及伊蚊为家栖蚊种，主要孳生在居室内或周边较为洁净的容器积水中，一般在白天叮咬人，日出后2小时和日落前2小时内为其活动高峰，与人关系密切，是传播基孔肯雅病毒能力最强的蚊种。白纹伊蚊分布较为广泛，是引起近期印度洋岛屿基孔肯雅流行的主要媒介。非洲伊蚊和带叉-泰氏伊蚊均为非洲野栖树冠蚊种，在丛林型疫源地病毒循环中起重要作用。 二、发病机制尚未阐明病毒直接损伤：病毒侵入人体后，迅速进入局部淋巴结，并在其中不断繁殖，3～4天后进入血液循环形成病毒血症。病毒感染诱导的免疫损害：继之，病毒侵入肝、脾、肾、心、骨髓、淋巴等处。数日后病毒从血中消失，而淋巴结、脾、骨髓中依然存在。 三、病理改变(1)骨骼肌： 主要感染成纤维细胞，表现为严重的肌纤维坏死、淋巴细胞和单核巨噬细胞浸润。(2)皮肤与关节：关节囊和深真皮层的成纤维细胞可见病毒抗原(3)中枢神经系统：小鼠实验显示，脉络丛上皮细胞严重的空泡变性，但脑实质及构成血脑屏障的微血管上皮细胞未见明显改变。