尽管是抗蛋白酶抑制剂能够有用的降低艾滋病病毒的半衰期到30分钟，但是每个病人每天产生的病毒高达1000左右，大批的病毒一边被清除，一边又产生。而且单一的治疗会是病毒很快产生抗药性。在如此状况治疗，艾滋病的鸡尾酒疗法就诞生了。

　　“鸡尾酒疗法”，该疗法把蛋白酶抑制剂与多种抗病毒的药物混合使用，从而使艾滋病有抑制的方法。

　　鸡尾酒疗法的原理是：假使艾滋病人只服用一种治疗药物，艾滋病毒终究会发生抵抗药效的能力，而如果病人服用两种药物，即使病毒发生对其中一种药物的抵抗能力，也无法同时兼具对另一种药物的防御能力。

　　接受艾滋病的鸡尾酒疗法的病人，如果在感染的最初几个月一起服用三种药物，最能有用地抑制病毒的复制扩散。比如接受AZT、3TC和蛋白酶抑制剂3种药物混合疗法，其中AZT、和3TC两种药物能够初步中断病毒的繁衍，而蛋白酶抑制剂能完全阻断病毒的复制扩散。

　　尽管是这种疗法对85%艾滋病人产生显着的效果，仍有15%的患者状况丝毫未有改观，另外，接受这种疗法的病人，初期会发现许多药物反作用引发的症状，比如严重腹泻、腹部痉挛和贫血等景象，某些药物必须要在饭后服用，其他的则又应空腹时服用。

　　可见艾滋病的鸡尾酒疗法效果也不是最渴望的，病人必须长期服药，而不会得到根治。长期服药治疗艾滋病的药物会形成包括脂质养分不良、背腹部脂肪异常堆集、血脂浓度异常升高等毒反作用，其中最厉害的是肝衰竭和糖尿病。另外艾滋病的鸡尾酒疗法每年每人约1.2万美元的昂贵药价，令一部分病人望而止步。